- Фон GEO DataSets В базе данных хранятся оригинальные предоставленные отправителем записи (Series,...
- GEO DataSet Record
- Найти гены
- Сравните 2 набора образцов
- Кластерные тепловые карты
- Дизайн эксперимента и распределение стоимости
Фон
GEO DataSets В базе данных хранятся оригинальные предоставленные отправителем записи (Series, Samples и Platforms), а также кураторские DataSets. Увидеть обзор для получения информации об этих различных типах записей и о том, как они связаны друг с другом.
Кураторские наборы данных образуют основу передовых функций отображения и анализа данных GEO, включая инструменты для определения различий в уровнях экспрессии генов и тепловых карт кластеров. Профили GEO получены из GEO DataSets. Не все оригинальные записи, предоставленные отправителем, были собраны в кураторские наборы данных.
База данных GEO DataSets может быть найдена с использованием множества различных атрибутов, включая ключевые слова, организм, тип DataSet и авторов. Примеры и полные сведения о том, как искать интересующие комплекты данных GEO, приведены в Запрос данных GEO DataSets и профилей GEO стр.
Информация о том, как интерпретировать страницы результатов GEO DataSets и как использовать Инструменты анализа данных, представлена на следующих аннотированных снимках экрана.
Страница результатов GEO DataSets
Проконсультируйтесь Таблица ниже для получения информации о том, как использовать и интерпретировать страницы результатов GEO DataSet.
Поле поиска Укажите интересующие наборы данных GEO, введя в это поле ключевые слова или оператор поиска. В поиске могут использоваться различные термины, включая ключевые слова, организм, тип набора данных и авторов. Примеры и полные сведения о том, как построить операторы поиска, приведены в Запрос данных GEO DataSets и профилей GEO стр. Результаты поиска могут быть сохранены в вашем Мой NCBI используя аккаунт Коллекции особенность. Расширенный поиск а также рамки страницы предоставляют удобные инструменты, помогающие создавать сложные запросы. B Параметры отображения и Отправить для использования Параметры отображения, чтобы изменить формат отображения или количество отображаемых элементов. Используйте кнопку Отправить, чтобы экспортировать результаты в виде простого текстового файла или сохранить результаты в буфере обмена или в My NCBI. Коллекции , C Строка заголовка Перечисляет номер доступа DataSet (GDS), Series (GSE) или Platform (GPL), за которым следуют заголовок и организм. D Сводка, тип, подмножества, дополнительные файлы и образцы
Сводка : сводное описание записи DataSet, Series или Platform.
Тип : тип DataSet или Series. Типы указывают общее применение (например, профилирование выражений), а также технологию (например, высокопроизводительное секвенирование). Записи DataSets также отображают тип значения выборки.
Подмножества : сводка количества и типа подмножеств экспериментальных переменных, представленных в наборе данных.
Дополнительные файлы . Указывает типы дополнительных файлов, которые были предоставлены вместе с исходной отправкой. Дополнительные файлы обычно ссылаются на собственные файлы необработанных данных, например, файлы Affymetrix CEL.
Образцы : указывается количество образцов в наборе данных или серии, а также перечисляются номера образцов доступа (GSM) и названия.
E Профили и ссылки GEO Взаимные ссылки на соответствующие записи в других базах данных NCBI, включая PubMed, Epigenomics и SRA. Ссылки на соответствующие профили GEO приведены в DataSets. Ссылки также могут быть получены в пакетном режиме, см. Найти связанные данные раздел ниже. F Отфильтруйте результаты. Отображает количество записей DataSet, Series и Platform, полученных по вашему запросу. Нажмите, чтобы ограничить ваши поиски определенным типом записи. G Миниатюрное изображение кластера Кластеры предоставляются в DataSets. Щелкните изображение, которое будет направлено на запись DataSet, с несколькими инструментами анализа данных, включая тепловые карты кластеров, см. Кластерные тепловые карты раздел ниже. H Найти связанные данные Эта функция аналогична описанной в Профили и ссылки GEO раздел выше, но в пакетном режиме.
GEO DataSet Record
Проконсультируйтесь Таблица ниже для получения информации о том, как использовать и интерпретировать записи GEO DataSet.
I Описательная информация о наборе данных. Этот раздел включает заголовок, сводку, организм, платформу, цитату (ы), набор данных, исходную (справочную) серию, на которой основан набор данных, тип значений, которые имеют образцы, количество образцов. DataSet содержит и дату, когда оригинальная серия была опубликована. J Миниатюрное изображение кластера Щелкните изображение, чтобы направить его в полноразмерную тепловую карту кластера по умолчанию (корреляция без центрирования UPGMA). Увидеть Кластерные тепловые карты раздел ниже для деталей о типах кластера и особенностях программы кластера. K Скачать
Предусмотрено несколько вариантов загрузки, в том числе:
Полный SOFT-файл DataSet (рекомендуется): содержит информацию DataSet, подмножества переменных эксперимента, измерения значений выражений и полную актуальную аннотацию гена для платформы DataSet (простой текст, формат с разделителями табуляции).
SOFT-файл DataSet : содержит информацию DataSet, подмножества переменных эксперимента, измерения значений выражения и генные символы (простой текст, формат с разделителями табуляции).
SOFT-файл семейства серий . Содержит полные, оригинальные, предоставленные отправителем записи, которые составляют основу этого набора данных (простой текст, формат с разделителями табуляции).
Файл семейства MINiML семейства : содержит полные, оригинальные предоставленные отправителем записи, которые составляют основу этого набора данных (формат XML).
SOFT-файл аннотации : Содержит полную актуальную аннотацию гена для платформы DataSet (простой текст, формат с разделителями табуляции).
L Инструменты анализа данных Информация о каждом из инструментов анализа данных представлена в следующих разделах.
Найти гены
M Найти гены
Найти имя или символ гена : введите имя или символ гена, который вы хотите найти в этом наборе данных, и вы будете перенаправлены на соответствующие профили.
Найти гены, которые находятся вверх / вниз для этого условия : используйте эту функцию, чтобы помочь идентифицировать гены, помеченные как обладающие эффектами подмножества, иными словами, гены, которые дифференциально экспрессируются в соответствии с экспериментальными подмножествами. Подмножества - это группы выборок в наборе данных, которые классифицируются в соответствии с основными экспериментальными переменными, например, полом, состоянием заболевания и т. Д. Для наборов данных, имеющих более одного типа подмножества, вы можете ограничить поиск генами, которые выражены дифференциально в одном конкретном подмножестве введите, сняв / сняв флажки по мере необходимости. Флаг эффекта подмножества рассчитывается с использованием исходных измерений выражения, предоставленных отправителем, которые содержатся в столбце VALUE записей Sample. Учитывая разнообразие данных, типов и диапазонов VALUE, полученных в GEO, этот флаг рассчитывается несколько раз и является лишь попыткой повысить видимость потенциально дифференциально экспрессируемых генов. Чтобы выполнить более надежный анализ, попробуйте t-критерий, используя Сравните 2 набора образцов запросить инструмент или загрузить DataSet полный SOFT файл в ваше любимое программное обеспечение для анализа микрочипов.
Сравните 2 набора образцов
N Сравнить 2 набора образцов
Цель этого инструмента - помочь идентифицировать гены, которые демонстрируют заметные различия в уровне экспрессии между двумя наборами образцов (группа A и группа B). Как правило, пользователи сравнивают образцы, которые принадлежат к различным подмножествам переменных эксперимента.
Шаг 1 : Выберите тест для выполнения и уровень значимости. Студенческий т-тест , или значение или ранг означает, что доступны разницы сгиба.
Шаг 2 : Выберите, какие образцы поместить в группу A, а какие образцы добавить в группу B. См. Раздел О для получения подробной информации о том, как назначить образцы для группы A и группы B.
Шаг 3 : Запросите группу A против группы B. Вычисляется оценка по критерию Стьюдента или средняя кратность для каждой группы. Гены, которые соответствуют выбранным пользователем критериям, представлены в профилях GEO.
Примечания и предостережения : Расчеты основаны на исходных измерениях выражений, предоставленных отправителем, которые содержатся в столбце VALUE записей Sample. Обратите внимание, что значения данных и диапазоны, предоставляемые отправителями GEO, сильно различаются. студенческий т-тест является хорошо установленным статистическим методом, позволяющим определить, действительно ли средние значения двух наборов данных различны. С помощью критерия Стьюдента сделаны основные предположения, поэтому результаты могут быть неправильными или вводить в заблуждение в зависимости от достоверности этих предположений. Для t-теста требуется не менее 2 образцов в каждой группе. Значение или ранг означает, что кратность различий является, пожалуй, самым элементарным методом фильтрации данных. Извлечения могут не иметь статистической значимости, или сравниваемые подмножества могут быть слишком малы, чтобы обеспечить какое-либо статистическое значение (например, синглтоны). Если значения равны нулю или отсутствуют, они игнорируются в расчетах. Если одна группа значений пуста, ее значение считается равным нулю для среднего группового сгиба. Если обе группы значений пусты, профиль пропускается. Набор результатов может быть пустым, если ни один из профилей не соответствует критериям. Нет никакого способа узнать априори, какой фильтр использовать для получения значимых результатов или что будут получены значимые результаты.
O Назначить сэмплы для группы A и группы B Выберите, какие сэмплы вы хотите назначить для группы A (левый столбец), а какие для группы B (правый столбец). Цветные блоки в середине предоставляют информацию об экспериментальных подмножествах переменных в наборе данных. Нажмите на Образец регистрационных номеров (GSMxxx), чтобы выбрать образцы индивидуально, или нажмите на цветные блоки, а затем на мигающие стрелки, чтобы выбрать целые группы образцов. Вы можете ограничить выборки в группах, сняв флажки для любых групп или выборок, которые вы не хотите включать. В приведенном выше примере пользователь решил сравнить все «недиабетические» образцы (группа A) со всеми «типами диабета 2 типа» (группа B).
Кластерные тепловые карты
P Кластерные тепловые карты В этом разделе доступен полный спектр типов кластеров, включая неконтролируемые иерархические кластеры, K-средние / K-медианные кластеры и тепловые карты, организованные по расположению генов в хромосоме. Справочная информация и сведения о каждом типе кластера приведены на Кластерный анализ набора данных GEO стр. Q Параметры кластера Доступны параметры для загрузки, построения или экспорта выбранных данных в профили GEO и изменения цветов тепловой карты. Для иерархических кластеров также можно изменить тип кластера из этой области. R Выберите области интереса на изображении тепловой карты. Щелкните изображение тепловой карты, чтобы выбрать область кластера для дальнейшего анализа. Появится блеклая рамка выбора; перетащите и / или измените размер поля, чтобы охватить область интереса. Чтобы выбрать более одного региона, нажмите значок «+» в левой части поля выбора, затем повторите процесс, чтобы выбрать другие регионы. Чтобы увеличить выбранную область, дважды щелкните поле выбора или нажмите «Сложить», чтобы просмотреть несколько выбранных областей. Генные символы перечислены на правой стороне увеличенного кластера. В этом списке можно искать определенные гены, используя функцию Ctrl F вашего браузера. Используйте кнопки «Загрузить», «Значения графика» или «Просмотр в Entrez», чтобы получить данные для выбранного региона.
Дизайн эксперимента и распределение стоимости
S Дизайн эксперимента и распределение значений. сюжет отображение распределения значений выражений каждого образца в наборе данных. График полезен для определения того, нормализуется ли набор данных, т. Е. Распределения значений по центру выборок являются медианными. Цветные полосы внизу диаграммы представляют подмножества экспериментальных переменных в наборе данных. Каждое подмножество имеет тип, например, «возраст» и описание, например, «8 недель». Например, на приведенной выше диаграмме первый образец GSM9920 получен от 8-недельной мыши без диабета.
Похожие
Дизайн дома HomeKONCEPT-12Описание технологии Традиционные фундаменты - на фундаментных скамьях Двухслойные стены - керамическая пустотелая 25 см + пенополистирол 15 см / минеральная вата 12 см. Железобетонные потолки Двухскоростные железобетонные ступени Крыша Традиционные стропильные фермы, покрытые керамической или цементной черепицей конденсации. Канальные обогреватели с большим остеклением на первом этаже и традиционными радиаторами в других помещениях. Гравитационная вентиляция Наше предложение включает в себя 4 способа найти координаты GPS для любого места
Есть определенные случаи, когда вам нужны точные координаты для определенного местоположения, но большинство картографических приложений не показывают такого рода фронт данных и центр, потому что это не то, что требуется очень часто. Я узнал, что получение координат GPS может быть очень удобно, если ваше устройство GPS не может найти конкретный адрес. Если вы похожи на меня и не обновляли свой Garmin или TomTom в течение многих лет, тогда многие новые области просто не будут отображаться Универсальный курс "SQL / Реляционные Базы Данных" для тестеров ПО
Это универсальный курс по SQL рассчитан на студентов от начального до среднего уровня знаний понимание SQL. Программа курса "Реляционные Базы Данных / SQL" вдоволь включает задач связанных с работой с базами данных, начиная от принципов 8 мест, чтобы найти классную корейскую моду в Сингапуре
Все больше ритейлеров предлагают корейскую одежду для сингапурских покупателей, начиная от подходящих для работы нарядов и заканчивая «двойниковыми» наборами. Такашимая Д.С. универмаг Лучшие семейные календари на 2019 год!
Нет сомнений, что использование семейного календаря действительно может улучшить вашу жизнь и если вы готовы посвятить себя добросовестному соблюдению всех ваших назначений и семейных обязательств в одном месте, вы всегда будете знать, куда идти, чтобы подготовиться к предстоящему дню, неделе и месяцу. Но чтобы сделать это, вы должны иметь правильный инструмент для Samsung Galaxy S8 и Galaxy S8 + - я видел и впечатлен [первые впечатления]
Я когда-нибудь говорил вам, что мне действительно нравится моя работа? За несколько дней до официального запуска новейших смартфонов Samsung у меня была возможность держать их в руках. К сожалению, я не мог поделиться своими впечатлениями с вами (это еще не лучшее время для потери почек), но я могу сделать это сейчас. И я должен сказать вам одну вещь: новый флагман корейской компании может понравиться - как визуально, так и функционально. В Лондоне в настоящее время проводится пресс-конференция, Sparfuchs с образовательными пробелами
Дизайн и мастерство распаковка Упаковка Lenovo C2 не преподносит больших сюрпризов. Смартфон поставляется в картонной коробке с изображением включенного устройства и зеленой. Lenovo Ярлык доставлен сверху. На обороте лишь несколько технических деталей о Lenovo C2. Также объем поставки не удался. Упаковка содержит только: Garmin Fenix 5 v Fenix 3: выбор между супер часами Garmin
Garmin Fenix 5 приземлился, мы попробовали это, и справедливо сказать, что мы большие поклонники. Но если вы смотрите на экономию, которую можно получить на старом Fenix 3, или вы уже являетесь владельцем, обсуждающим обновление, какой вариант выбрать? Оба представляют два из лучшие мультиспортивные GPS часы деньги можно купить, с безумным количеством действий, отслеживаемых от бега и езды на велосипеде до катания Какой рождественский подарок для девочки? Лучшие идеи
Face Brush Каждая женщина, независимо от ее возраста, придает большое значение своей внешности, любит правильно о ней заботиться. Среди вспомогательных гаджетов есть, среди прочего, щетка для лица, которая позволяет быстро и эффективно удалить эпидермис, все виды загрязнений или остатки макияжа. Более того, регулярно используемая щетка для лица позволяет улучшить состояние кожи. Вопреки внешнему виду, Лишний, но хороший: симбиоз Sony X и Z
В тестовом курсе в редакторе inside-handy.de Xperia XZ Пройдите несколько стандартизированных тестов, которые сформировали 8-часовой симулированный распорядок дня. За это время мобильный телефон был максимально подвержен нагрузке, и все компоненты были удалены. Как объясняется, как дисплей, процессор и, прежде всего, камера, выделенная Sony, побеждают, а также субъективный пользовательский опыт и срок службы батареи. Sony Xperia XZ3 в тесте: альтернатива Galaxy S9 и Co.?
С появлением Xperia XZ2 и XZ2 Premium Sony 2018 уже представила на рынке два лучших смартфона. Теперь японский производитель публикует с XZ3 еще одну модель суперкласса. Впервые Sony использует OLED-дисплей с закругленными краями. Делает ли новый внешний вид Xperia XZ3 реальной альтернативой Galaxy S9 и Mate 20 Pro? Тест. содержание Дизайн и обработка:
Комментарии
Какие предметы макияжа можно найти в последнем предложении Россманна ?С появлением Xperia XZ2 и XZ2 Premium Sony 2018 уже представила на рынке два лучших смартфона. Теперь японский производитель публикует с XZ3 еще одну модель суперкласса. Впервые Sony использует OLED-дисплей с закругленными краями. Делает ли новый внешний вид Xperia XZ3 реальной альтернативой Galaxy S9 и Mate 20 Pro? Тест. содержание Дизайн и обработка: Что, если художественные галереи уничтожили все свои оригинальные картины, чтобы заменить их воссозданной 8-битной графической версией каждой классической картины, о которой вы когда-либо слышали?
Что, если художественные галереи уничтожили все свои оригинальные картины, чтобы заменить их воссозданной 8-битной графической версией каждой классической картины, о которой вы когда-либо слышали? Было бы преступлением века превратить Микеланджело в Супер Марио! Но когда вы думаете об этом, именно это мы позволяем потоковым музыкальным сервисам делать с великой классикой в звуке. Итак, перефразируя наблюдения Уинстона Черчилля о демократии, можно сказать, что Tidal - худший Помощь можно найти в публикации Какой эпилятор до 500 злотых?
Что, если художественные галереи уничтожили все свои оригинальные картины, чтобы заменить их воссозданной 8-битной графической версией каждой классической картины, о которой вы когда-либо слышали? Было бы преступлением века превратить Микеланджело в Супер Марио! Но когда вы думаете об этом, именно это мы позволяем потоковым музыкальным сервисам делать с великой классикой в звуке. Итак, перефразируя наблюдения Уинстона Черчилля о демократии, можно сказать, что Tidal - худший Именно у нас у будущих невест есть шанс найти мечтанное создание, а у будущих супругов может быть ответ на их вопрос: «завязывать или летать?
Именно у нас у будущих невест есть шанс найти мечтанное создание, а у будущих супругов может быть ответ на их вопрос: «завязывать или летать?». Свадьба - это событие, которое обычно происходит только один раз в жизни. По этой причине каждая пара хочет, чтобы она была уникальной и незабываемой - конечно, в позитивном смысле. Наши события приходят с помощью здесь. Что вы получаете в Интернете? Жених и невеста смотрят на свадебную ярмарку в первую очередь за тем, чего они непременно
Но если вы смотрите на экономию, которую можно получить на старом Fenix 3, или вы уже являетесь владельцем, обсуждающим обновление, какой вариант выбрать?
Делает ли новый внешний вид Xperia XZ3 реальной альтернативой Galaxy S9 и Mate 20 Pro?
Делает ли новый внешний вид Xperia XZ3 реальной альтернативой Galaxy S9 и Mate 20 Pro?
Что, если художественные галереи уничтожили все свои оригинальные картины, чтобы заменить их воссозданной 8-битной графической версией каждой классической картины, о которой вы когда-либо слышали?
Что, если художественные галереи уничтожили все свои оригинальные картины, чтобы заменить их воссозданной 8-битной графической версией каждой классической картины, о которой вы когда-либо слышали?
Именно у нас у будущих невест есть шанс найти мечтанное создание, а у будущих супругов может быть ответ на их вопрос: «завязывать или летать?
Что вы получаете в Интернете?
